Em 1997, por iniciativa do Professor Eufrázio de Souza Santos, deu-se incício ao Programa de Pós-Graduação em Biometria, em nível de mestrado, que recebeu reconhecimento da CAPES dois anos depois, tendo sua primeira dissertação defendida em 2001. O Programa era fisicamente ligado ao Departamento de Física e Matemática (DFM) e com o crescimento das áreas de Estatística e Informática, teve início a criação do Departamento de Estatística e Informática (Deinfo), que passou a comportar fisicamente a estrutura do PPGBIOM, como era conhecido na época. Em sua segunda avaliação trienal (2004-2006), o Programa mudou para conceito 4, sendo autorizada posteriormente a mudança de nome para Biometria e Estatística Aplicada (PPGBEA) nome que comportava melhor o leque de pesquisas desenvolvidas no programa. Ainda em 2008 foi aprovado o início do doutorado, que entrou em funcionamento efetito no ano de 2009, sob a gestão do Professor Borko Stosic, então coordenador. Sucederam-se na Coordenação do Programa os Professores Moacyr Cunha Filho, Tatijana Stosic e Paulo José Duarte Neto, este último, egresso do Programa formado na primeira de doutorado (2009-2012). Atualmente o Programa está sob a gestão do Professor Paulo José Duarte Neto, e possui uma sólida inserção internacional em parcerias com instituições como a Texas A&M University (EUA), Universiteit Antwerpen (Bélgica), Universidad Nacional del Sur (ARG). O programa recebe anualmente discentes de vários países da América Latina através do convênio com a Organização dos Estados Americanos (OEA) e o Grupo Coimbra de Universidades Brasileiras. Até o momento (abril/2024) foram formados 230 mestres e 100 doutores atuando nos mais diversos segmentos do mercado brasileiro e que participam ativamente da vida científica do país, em especial, da região Nordeste.